De vroege geschiedenis van clan MacKinnon is verloren gegaan in de nevelen der tijd. Algemeen wordt echter aangenomen dat de clan afstamt van Loarn, een van de zonen van koning Erc, de stichter van het oude Ierse koninkrijk Dalriada, waarvan het gebied het huidige Lorn omvatte, evenals de eilanden Mull, Coll en Tiree. De lange strijd tussen de stammen van Dalriada verzwakte het koninkrijk aanzienlijk en rond 700 n.Chr. viel het in handen van Vikingen. Enkele honderden jaren lang is er niets meer over de stam van Loarn vastgelegd, maar hij was niet verdwenen. Finguine, de stichter van clan MacKinnon, was een historische figuur en een prominente krijger waarvan bekend is dat hij leefde in de laatste jaren van de 12e eeuw. Finguine, de kleinzoon van Aibertach van Lorn, gaf de clan zijn Gaelische naam: Mac Fhionghuin ("Zoon van Fingon"). Uiteindelijk werd de naam in de 18e eeuw door een MacKinnon-opperhoofd verengelst tot "MacKinnon", een gebeurtenis die relatief laat in de clangeschiedenis plaatsvond. Terwijl het Koninkrijk der Eilanden zich in de tweede helft van het eerste millennium ontwikkelde tot de Heerlijkheid der Eilanden, was er een bloei van Gaelische kunst, literatuur, bouwkunde en handel. Clan MacKinnon was actief betrokken bij alle aspecten van deze groeiende en uniek Gaelische cultuur. MacKinnon-opperhoofden waren gerespecteerde leden van de Raad der Eilanden, en de clan leverde de abten en prioren voor het klooster op Iona. Onder de Heerlijkheid der Eilanden verwierven de MacKinnons de landerijen van Strath op Skye, een boerderij genaamd Sliddery op het eiland Arran, en consolideerden ze hun greep op Mishnish, een district in het noorden van Mull. Het was tijdens de burgeroorlogen die Schotland, Ierland en Engeland in de jaren 1640 teisterden, dat de MacKinnons voor het eerst de Stewart/Stuart-koningen steunden. De Stewart/Stuart-zaak kreeg in 1707 veel steun met de goedkeuring van de impopulaire Act of Union, die Engeland en Schotland tot één land samenvoegde. Clan MacKinnon was in 1715, 1719 en 1745 tegen alle pogingen om de Schotse soevereiniteit te herstellen. In de periode na de noodlottige Jacobitische opstanden raakte de eens welvarende Clan MacKinnon in armoede. Omdat hij niet al zijn schulden kon betalen, verkocht Charles, de voorlaatste MacKinnon-leider, in 1791 zijn laatste deel van zijn erfgoed. De clan, die nu op land leefde dat in bezit was van anderen, verloor een groot deel van zijn leiderschap door emigratie. De brute maar bekende ontbossing van de Hooglanden zorgde ervoor dat de MacKinnons, na meer dan 1000 jaar op de Hebriden, zich over de hele wereld verspreidden.