L'histoire ancienne du clan MacKinnon se perd dans la nuit des temps. Cependant, il est généralement admis que le clan descend de Loarn, l'un des fils du roi Erc, fondateur de l'ancien royaume irlandais de Dalriada, dont les terres comprenaient la région de l'actuelle Lorn ainsi que les îles de Mull, Coll et Tiree. Les longues luttes entre les tribus de Dalriada affaiblirent considérablement le royaume et, vers 700 apr. J.-C., il tomba aux mains des Vikings. Pendant plusieurs siècles, on ne retrouve plus aucune trace de la tribu de Loarn, mais elle n'avait pas disparu. Finguine, fondateur du clan MacKinnon, était un personnage historique et un guerrier de premier plan dont on sait qu'il vécut durant les dernières années du XIIe siècle. Finguine, petit-fils d'Aibertach de Lorn, donna au clan son nom gaélique : Mac Fhionghuin (« Fils de Fingon »). Le nom fut finalement anglicisé en « MacKinnon » par un chef MacKinnon au XVIIIe siècle, un événement relativement tardif dans l'histoire du clan. Lorsque le Royaume des Îles devint la Seigneurie des Îles à la fin du premier millénaire, les arts, la littérature, la construction et le commerce gaéliques connurent un essor. Le clan MacKinnon participa activement à tous les aspects de cette culture gaélique florissante et unique. Les chefs MacKinnon étaient des membres respectés du Conseil des Îles, et le clan fournissait les abbés et les prieurs du monastère d'Iona. Sous la Seigneurie des Îles, les MacKinnon obtinrent les terres de Strath sur l'île de Skye, une ferme appelée Sliddery sur l'île d'Arran, et consolidèrent leur emprise sur Mishnish, un district du nord de Mull. C'est pendant les guerres civiles qui embrasèrent l'Écosse, l'Irlande et l'Angleterre dans les années 1640 que les MacKinnon soutinrent pour la première fois les rois Stewart/Stuart. La cause Stewart/Stuart gagna un large soutien en 1707 avec l'adoption de l'Acte d'Union, impopulaire, qui forgea l'Angleterre et l'Écosse en un seul pays. Le clan MacKinnon participa activement à toutes les tentatives de restauration de la souveraineté de l'Écosse en 1715, 1719 et 1745. La période qui suivit les funestes révoltes jacobites vit le clan MacKinnon, autrefois prospère, réduit à la pauvreté. Incapable de payer toutes les dettes dont il était responsable, Charles, l'avant-dernier chef MacKinnon, vendit le reste de son patrimoine en 1791. Le clan, qui vivait désormais sur des terres appartenant à d'autres, perdit une grande partie de ses dirigeants à cause de l'émigration. La déforestation brutale, mais bien connue, des Highlands vit les MacKinnon, après plus de mille ans passés dans les Hébrides, dispersés aux quatre coins du monde.