Die frühe Geschichte des Clans MacKinnon liegt im Dunkel der Zeit. Es ist jedoch allgemein anerkannt, dass der Clan von Loarn abstammt, einem der Söhne von König Erc, dem Gründer des alten irischen Königreichs Dalriada, zu dessen Ländern das Gebiet des heutigen Lorn sowie die Inseln Mull, Coll und Tiree gehörten. Die langen Kämpfe zwischen den Stämmen Dalriadas schwächten das Königreich erheblich, und um 700 n. Chr. fiel es an die Wikinger. Mehrere hundert Jahre lang gibt es keine weiteren Aufzeichnungen über den Stamm Loarn, doch er war nicht verschwunden. Finguine, Gründer des Clans MacKinnon, war eine historische Figur und ein bedeutender Krieger, der nachweislich in den letzten Jahren des 12. Jahrhunderts lebte. Finguine, der Enkel von Aibertach von Lorn, gab dem Clan seinen gälischen Namen: Mac Fhionghuin („Sohn von Fingon“). Schließlich wurde der Name im 18. Jahrhundert von einem Häuptling der MacKinnon zu „MacKinnon“ anglisiert, ein Ereignis, das sich relativ spät in der Clangeschichte ereignete. Als sich das Königreich der Inseln in der zweiten Hälfte des ersten Jahrtausends zur Herrschaft der Inseln entwickelte, erlebten gälische Kunst, Literatur, Baukunst und Handel eine Blütezeit. Der Clan MacKinnon war in allen Bereichen dieser wachsenden und einzigartigen gälischen Kultur aktiv. Die Häuptlinge der MacKinnon waren angesehene Mitglieder des Rates der Inseln, und der Clan stellte die Äbte und Prioren für das Kloster auf Iona. Unter der Herrschaft der Inseln erwarben die MacKinnons die Ländereien von Strath auf Skye, einen Bauernhof namens Sliddery auf der Insel Arran und festigten ihre Herrschaft über Mishnish, einen Bezirk im Norden von Mull. Während der Bürgerkriege in Schottland, Irland und England in den 1640er Jahren unterstützten die MacKinnons erstmals die Stewart/Stuart-Könige. Die Sache der Stewart/Stuarts gewann 1707 mit der Verabschiedung des unpopulären Act of Union, der England und Schottland zu einem Land vereinigte, großen Zuspruch. Der Clan MacKinnon beteiligte sich 1715, 1719 und 1745 nicht an allen Versuchen, Schottlands Souveränität wiederherzustellen. In der Zeit nach den unglückseligen Jakobitenaufständen verarmte der einst wohlhabende Clan MacKinnon. Da er nicht alle Schulden begleichen konnte, verkaufte Charles, der vorletzte Häuptling der MacKinnons, 1791 den Rest seines Erbes. Der Clan, der nun auf fremdem Land lebte, verlor einen Großteil seiner Führungsriege durch Auswanderung. Die brutale, aber bekannte Rodung der Highlands führte dazu, dass die MacKinnons, die mehr als 1000 Jahre auf den Hebriden gelebt hatten, über den ganzen Globus verstreut wurden.